Variants : Nomenclature OMS

Le SARS-CoV-2, le coronavirus responsable de la COVID-19, possède un ARN linéaire non segmenté de sens positif. Comme tous les virus, le SARS-CoV-2 s'adapte continuellement aux changements d'environnement en temps réel par le biais de mutations aléatoires du génome, soumises à la sélection naturelle. La plupart de ces mutations sont neutres ou nuisibles pour le virus. Cependant, un petit nombre d'entre elles peut offrir un avantage sélectif au virus, comme par exemple l'évasion du système immunitaire de l'hôte ou la résistance aux antiviraux. De telles mutations peuvent également conduire à une capacité accrue de transmissibilité. Au fur et à mesure que ces formes mutées du virus se propagent, au gré des contaminations de personne à personne, elles finissent par être détectées au niveau de la population.

Ainsi sont nés les variants dont on parle depuis plus d'un an. Des exemples de ces variants sont présentés sur ce site dans la page "Les Variants du SARS-CoV-2".

L'organisation Mondiale de la Santé (WHO, World Health Organisation en anglais) suit l'évolution de ces variants depuis juin 2020. Cet organisme a élaboré un cadre mondial de surveillance des risques pour coordonner les composantes d'un système international de surveillance et d'évaluation des variantes du SARS-CoV-2 et de leur impact.

L'analyse systématique du génome des variants détectés dans la population générale a permis d'identifier deux types de variants, les variants dit "d'intérêt" et les variants dit "préoccupants".

Définition du "variant d'intérêt du SARS-CoV-2" (VOI, variant of interest) selon l'OMS

Un variant du SARS-CoV-2 est qualifié de "variant d'intérêt" si :

  • il est modifié sur le plan phénotypique par rapport à un variant de référence
  • son génome présente des mutations qui entraînent des modifications d'acides aminés associées à des implications phénotypiques établies ou suspectées
  • il a été identifié comme étant à l'origine d'une transmission communautaire /de multiples cas/clusters de COVID-19, ou a été détecté dans plusieurs pays.

Définition du "variant préoccupant du SARS-CoV-2" (VOC, variant of concern) selon l'OMS

Un "variant d'intérêt" tel que défini ci-dessus devient un "variant préoccupant" si, par une évaluation comparative, il a été démontré qu'il est associé à :

  • une augmentation de la transmissibilité ou une modification préjudiciable de l'épidémiologie du COVID-19
  • une augmentation de la virulence ou une modification de la présentation clinique de la maladie
  • une diminution de l'efficacité des vaccins thérapeutiques disponibles, des mesures de santé publique et des mesures sociales en usage ou des diagnostics.

Sur ce site, dans la page "Les variants du SARS-CoV-2", sont décrits plusieurs des variants d'intérêt et préoccupants. La nomenclature scientifique utilisée sur ce site est celle du "Pangolin". Comme je l'ai déjà dit ce terme n'a strictement rien à voir avec l'animal. Il s'agit d'un acronyme signifiant : Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages (Rambaut et al., Nature 2020). Ce mode de nomenclature est basé sur l'arbre phylogénétique (généalogique) des variants déduit du séquençage de leur génome et de la comparaison entre ces divers génomes. D'autres systèmes de nomenclature, également basés sur les comparaisons de séquences du génome viral sont le GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data; https://go.nature.com/3pgSIt6) et le Nextstrain (Bedford et al. https://go.nature.com/3c9Riep).

 

Pourquoi cette nouvelle nomenclature ?

Lorsque par exemple des chercheurs d'Afrique du Sud ont repéré une souche hautement mutée de coronavirus à l'origine de la deuxième vague de grippe dans le pays fin 2020, ils l'ont appelée variante 501Y.V2. D'autres scientifiques lui ont donné les noms de B.1.351, 20H/501Y.V2 et GH/501Y.V2. Mais de nombreux médias - et certains scientifiques - décrivent le même virus comme le "variant sud-africain". Cela est le cas dans ce site, sur la page "Les variants du SARS-CoV-2" où j'ai adjoint à la nomenclature "Pangolin" l'origine géographique des variants.

Pour mettre fin à cette confusion et éviter les stigmates géographiques, tout le monde devrait désormais appeler le variant B.1.351. dit Sud-Africain, "Beta", selon un système de dénomination annoncé le 31 mai par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) à Genève.

 

Nomenclature variants who

 

Nouvelle nomenclature. Les quatre premiers variants, alpha, beta, gamma et delta sont les variants préoccupants (OMS)

 

Les noms, tirés de l'alphabet grec, ne sont pas destinés à remplacer les étiquettes scientifiques, mais serviront de raccourci pratique pour les décideurs, le public et les autres personnes non spécialisées qui perdent de plus en plus le fil des différentes variants selon la dénomination utilisée.

Il est en effet beaucoup plus facile de dire le variant "Delta" que le variant "B-un-six-un-sept-deux".

Mais la confusion et la facilité de présentation ne sont pas les seules raisons d'opter pour un système de dénomination simplifié, estime l'OMS. Des termes tels que "variant sud-africain" ou "variant indien" peuvent stigmatiser les pays et leurs habitants, et pourraient même décourager les nations de mettre en place une surveillance des nouveaux variants. Selon certains informateurs, les ministres de la santé de certains pays d'Afrique ont hésité à annoncer la découverte de nouveaux variants locaux par crainte de devenir des parias.

Cependant, on peut soupçonner que les termes descripteurs géographiques imprimés dans l'esprit du grand public, et les dénominations scientifiques (type "Pangolin") basées sur les séquences génomiques des divers variants ne disparaîtront pas de sitôt.

Date de dernière mise à jour : 19/06/2021

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